線性調查 VS 地氈式搜索
多年來關注香港水生生態，出版《香港魚類自然百態》的魚類專家李錦華，曾參與香港自然生態論壇發起的龍尾生態調查。他表示顧問公司提交龍尾的第一份環評粗疏，六百多頁的報告中，僅有幾頁談及海岸生態。再者，他不相信河口部分僅存在幾種淡水魚，因此決定聯同其他民間專家到龍尾進行實地考察。
他憶述：「我們有昆蟲、鳥類、植物等專家，我則負責水生生物方面。一行十二人，只花兩晚，便找到百多種生物。」李錦華解釋，因為他們是以地氈式搜索調查，比較全面，去到哪裡、找到哪裡，同時不受潮水漲退等環境因素影響。
雖然民間專家找到二百多個物種，而顧問公司第二次調查時亦找到六十七種潮間動物，較第一次多十一倍，但報告仍然強調兩者的研究方法和採樣模式不盡相同，難以比較，沒有承認民間專家研究的結果。
為甚麼在物種數目上出現那麼大的差距？現職於環境評估顧問公司的助理環境顧問周鳴謙解釋，環評公司的做法是以拉直線的方式，把工程範圍劃分成若干「格仔」，計算「格仔」內的生物數目。這是一個科學性的方法，亦符合環保署在技術備忘錄裡的基本要求。
李錦華也承認，拉直線和地氈式搜索都是本地認可的做法，並無優劣之分。
周鳴謙進一步指，國際主要用線性調查的方式進行生態研究，地氈式搜索反而是較少有。
爭議二：乾濕季無明確分界 抽樣調查易取巧？
環保署的技術備忘錄列明生態評估需依據季節變化進行相應基線調查，但條例並沒有清楚劃分乾濕季的分界，造成灰色地帶。李錦華認為，由於條例沒有清楚列明季節的界限，例如兩季相隔幾多個月，環評公司容易取巧，令環評報告粗疏。負責龍尾環評的顧問公司分別在二零零八年三月六日和五月二十二日進行乾濕季調查，相隔只是兩個半月。
李錦華認為，最少相隔半年才能真正觀察生態上的變化，他質疑：「十個星期根本不能反映真正的季度差異。」因此他認為官方環評的可信性有待商榷。而香港自然生態論壇由零七年至今，共到龍尾五十多次，進行不定期抽樣調查，在季節上的生態變化有更詳細研究。
但助理環境顧問周鳴謙強調，近年媒體亦非常關注環評議題，加上環評需要公開諮詢，因此不會馬虎了事。而一般生態研究只需乾濕兩季各做一次調查：「除非有好明顯分別才會去做（第二次調查）。」
前環境評估顧問公司高級環境顧問黃詠儀表示，一般環評公司都會按照技術備忘錄而做，而備忘錄由環保署參考世界標準制定。黃詠儀相信，顧問公司十分著重專業操守：「不會因為客人而跪低。」