龍尾生態價值既高又低
龍尾的生態價值一直是這場辯論的爭拗點，無論是評估方法和補救措施，都引起不少爭論。二零零五年，龍尾灘被列為施政報告二十五項優先發展工程之一，土木工程拓展署同年隨即提交環評報告，指出龍尾灘只有廿三種珍貴物種，屬於保育價值低的生態區域，隨即引起環保團體質疑。
當時自然生態論壇立刻自發組織觀察龍尾生態調查隊，當中不乏資深學者、海岸生態研究員及自然生態觀察員等，他們根據國際公認的瀕危物種名冊，到沙灘搜集物種，拍照存檔。然後撰寫報告表示龍尾錄得孕育着超過一百九十種潮間帶物種，促請政府重新評估龍尾生態。
環保署環境諮詢委員會於零八年順應環保組織要求，再次進行環評，雖然報告表示有一百三十八種物種，但龍尾灘仍被評估為低生態價值。自然生態論壇發言人黃志俊批評報告不合理並有欠公允：「我們用了兩天已比他們花三個月找到的物種要多。」
搬遷物種是緩解非保育
為了緩解興建人工沙灘對龍尾生態影響，二零零六年土木工程拓展署聘任顧問公司進行生態研究，當時報告指出汀角東與龍尾環境相似，建議政府將原有物種搬遷到汀角東。然而，李少文表示兩地並不相似：「龍尾是一個多樣性的生態環境，沙灘到泥灘都有，而且水比較淺，生物多樣性較高。而汀角紅樹比較多，而且沒有那麼多石塊，所以環境有很大的差異。」他指儘管距離不遠，但對海星而言生態環境有很大差異，可能影響牠們繁殖。
他指出，搬遷物種涉及很多生物適應和繁衍的考量，會否成功是一個很大的疑問。外國大多例子都是因為當地生態出現問題，例如﹕細菌感染、天災等才會進行物種搬遷，原則上不應為了發展而搬遷物種。