爭議三：排名低代表生態價值低？
在界定物種的生態價值時，顧問會和其他地方比較。漁護署先後在荔枝莊、榕樹澳、海下作生態調查，發現三個地方都有管海馬的足跡，指出龍尾並非管海馬唯一棲息地。顧問公司引用漁護署資料，以上述三個地方和龍尾進行生態比較，結果龍尾排名最後。
李錦華質疑能否這樣比較，其他地方的生態價值高，不代表龍尾不值得保育。他比喻：「小明考第四，在家長心中已很叻，假若你只比較前四名次，小明當然是最差。」他更強調，評估生態是否需要保育時，應考慮當地的生物多樣性和瀕危物種的數目，不應只取決於排名。據民間環評指出，龍尾錄得五十多種魚類，其中十二種被列入國際物種保育名單。
李錦華表示，雖然生物多樣性的高低沒有清晰標準，但就算只計魚類，他都覺得是香港其中一個高生態價值的地點。他直言：「人工泳灘不是在海下或榕樹澳興建，比較沒意思，龍尾就是需要保育。」
前環境評估顧問公司高級環境顧問黃詠儀表示，環評公司一向都會比較不同地方的生態環境。助理環境顧問周鳴謙進一步指，管海馬雖屬「易危」物種，但整個吐露港，例如汀角、鳥溪沙、荔枝莊等都不乏牠們的蹤影。他再三強調，環評顧問的角色在於盡量想辦法保護罕見物種，包括研究如何搬遷海馬至汀角生活等。
建議補償方案 非決定工程可行性
環評的主要作用在於確保大型工程項目對環境影響得以避免或將影響減至可接受水平。中大環境科學課程主任陳竟明教授表示，環評依照的技術備忘錄沒有列明對生態影響的底線，即沒有規定有哪些物種存在就不能發展。即使工程將會對環境造成一定破壞，只要報告列出可行的補償方案，環評便很大機會獲得通過，例如龍尾環評就有建議搬遷管海馬作補償。換言之，除非環評指出工程上馬會造成不可修復的環境破壞，否則在報告列明可行的補救方案下，環評很少被否決。
《環境影響評估條例》實施十六年以來，只有一宗項目被環保署署長否決。二零零零年，塱原濕地落馬洲支線興建架空橋的項目在完成環評後，發現工程將會對雀鳥造成不可修復的影響，因此環保署沒有批准工程「上馬」。環保署數據顯示，過去五年，該署共接獲六十六宗申請的環評報告。其中的四十六宗獲批准、十宗由申請人撤回，剩下十宗仍在處理，暫未有環評報告被否決。
助理環境顧問周鳴謙補充，顧問公司的角色在於建議補償方案。雖然環評有否決工程開展的權力，但環評旨在減低工程對環境造成的影響，並非阻止工程上馬：「如果一早認為這個地方不適合，根本不會做環評。」
公開諮詢三十日 難為有心人？
環保署會把環評報告上載相關網頁三十日，讓公眾查閱。生態教育及資源中心科學事務經理張瑪珊指出，時間很倉促，反觀外國的環評諮詢時間通常在三個月至半年不等，更有專人向市民解釋報告內容。
她表示：「幾百頁的報告加上附錄，要在三十日之內把它看完，接著還要作出評論，那種『強勁』程度並非常人能夠應付。」通常只有環保團體看環評報告，但環團本身工作忙碌，只能留意爭議性大的項目，容易忽略規模較小的工程。
但環境諮詢委員會副主席鄒桂昌指出，不可能無限期延長環評諮詢期。他直指「一個月不夠，兩個月、三個月都可以說不夠。」若延長諮詢期至半年或一年，報告會因生態轉變而過時。
專家倡成立獨立委員會
環評沒有統一的標準，其結果容易惹起各界質疑。李錦華建議政府仿效外國做法，成立由學者和業界人士組成的獨立委員會。由這委員會代替項目倡議人委託顧問公司寫環評，避免項目倡議人與顧問公司有直接僱傭關係，減少利益衝突，以增加大眾對整個環評機制的信心。
