課程設置與中大相似 學生體驗因人而異
深圳分校的課程設計與中大本校類似，除了主修科目外，同學亦需選修語文、體育、資訊科技及通識教育，內地大學的必修課如軍事理論、中國近代史等則毋須修讀。除中文、體育和個別通識教育科目外，校內使用全英語授課。跟中大本校內地生一樣，學生一年級時先選學院，二年級才選擇主修科目。
在學科設置上，廖同學認為深圳分校確實做到了招生時的承諾，沿襲了中大傳統。但亦有同學在入讀之後對深圳分校感失望。以高分入讀的郭同學直言，自己是創校第一屆學生，初入校時，感覺學校太新，自己「沒有強烈的歸屬感」。他亦覺得深圳分校的老師質素與自己的期望有落差，認為某些香港老師教學進度太慢，課程的難度亦跟不上內地其他的大學。他表示，若可再選，會選讀中大本校。
與中大本校相似，深圳分校同樣設有書院制，現有逸夫、學勤和思廷三間書院。在學院設置上，目前該校僅有理工、經管和人文三個學院，其中人文學院只有翻譯一個專業。蔡小強表示，深圳分校暫無打算發展成為中大本校那樣的綜合性大學，會專注於理工和經管教育，因應珠三角地區，尤其是深圳地區高科技產業的發展，培養有「國際視野和中華文化薰陶的人才」。
深圳分校暫無黨委書記 未來深圳將成高教城
中大深圳分校由香港中文大學、深圳大學和深圳市政府三方合作成立，正式名稱是香港中文大學（深圳）。蔡小強表示，與深圳大學合作，是由於教育部《中外合作辦學條例》規定，境外大學在內地辦學，必須要有合作方。他續指，深圳大學並不會介入學術體系和管理運作。記者翻查了深圳分校官網列出的九位「大學主管人員」履歷，發現其中有四位成員曾在香港中大任職或任教，包括校長徐揚生。另有兩人來自深圳大學，其餘三人則是深圳分校在成立後相繼外聘而來。
深圳分校現時沒有黨委組織。2013年，中大校長沈祖堯接受傳媒訪問時表示，深圳分校不會有黨委書記。但據英國《金融時報》早前報道，中國教育部要求境內的中外合辦大學均須設立黨支部，並在十九大之後開始執行。深圳分校亦屬中外合辦高校，外界擔心，該校會受到新規影響。本刊就黨委設置事宜聯絡深圳分校，但至截稿前未獲回應。
不止香港中文大學在深圳建分校，深圳將來會發展成「高等教育城」，多間內地知名的大專院校如北京大學和清華大學，都已在深圳開辦研究院，並計劃在此基礎上建設新校區，招收本科生。除了中大深圳分校外，深圳亦有多所中外合辦院校，包括北京理工大學與莫斯科大學合辦的「北理莫斯科大學」，以及清華大學與美國加州柏克萊大學合辦的「清華-伯克利深圳學院」。
