一戰成名
毫無疑問，大學生孫志剛被收容所毆打致死和沙士疫情就是程益中在等的大新聞。當時收容制度和沙士都在中宣部規定的禁區之內，但程益中清楚地意識到，久等的大魚已經上鈎，就算禁區也要闖。沒有絲毫猶豫，程益中下令這兩單新聞都登上了報端。報道在社會上引發了巨大的反響，孫志剛案的報道發表不到兩個月，收容所制度廢除，全國七百多所收容所隨即關閉。
《南都》堅持真相、為民除害、推動改革的報道卻得罪了在當地掌握實權的公檢法部門，讓廣東省在中央面前顏面丟盡，隨之而來的就是秋後算帳。指揮對孫志剛施行暴力的警察在法院庭審判刑時，甚至公開對當時在場的廣州市公安局局長威脅道，如果不收拾了《南方都市報》那幫人，給自己報仇，出來之後就殺死他們。
惡狠狠的報復隨即展開。二零零四年十二月，程益中在《南都》的同事喻華峰被公安帶走，那時他就清楚的知道自己被帶走是遲早的事。他平靜的回到老家度過入獄前的最後一個春節，並在來年的《南都》全體員工大會上做了名為《沒有熬不過的黑夜，沒有等不來的黎明》的演講，這段悲痛但依舊不改自信不羈的文字是他最後的政治告白。
「《南都》的價值觀就是這個社會的主流價值觀，《南都》的方向就是這個國家應有的方向……對《南都》的容忍是開放社會和民主政治應用的同時也是最起碼的姿態……《南方都市報》正在經受血與火的洗禮，我們不能保證每一位出發的戰士都能歸來……」
二零零五年三月初，程益中已經到北京任《新京報》總編輯。意料之中的這個電話終於來了。電話來自光明報業集團分管《新京報》的領導，大意是說廣東省委書記張德江給中宣部部長劉雲山打電話，要求劉雲山出面讓光明報業集團敦促程益中以個人身體健康為由，辭去《新京報》總編輯職務。程益中迫於壓力辭職。三月十九日凌晨兩點五十分，大批警察破門而入，將在四川丹巴縣出差的程益中逮捕。
程益中要求警察出示的逮捕令，發現逮捕令上領導簽名和印章都有，卻唯獨罪名一欄為空白。程質問，自己究竟犯了甚麼罪，帶頭的警察愣了一下，之後反問程：「你想要個甚麼理由？」隨後程被帶走。就是這樣一張沒有罪名的逮捕令，把程益中帶入了長達一百六十多天的牢獄生活。
