校方間接施壓 代表會擔心
學會進入試辦期前必須向中大學生會屬下團體委員會（下稱屬委會）提交申請，會章需得到代表會的通過才能開始試辦會務及招募幹事。校方在香港獨立研究學會公開招募幹事後發表聲明，雖然校方沒有點名譴責，但再三強調「香港是中國不可分離的一部分」。本刊曾就此事追問學生事務處學生發展及資源組，該組負責指導及支援學生團體事務，但負責人卻表示不予回應。屬委會署理主席、就讀政治及行政學系三年級的潘智鍵指，一般通過學會成立申請，主要考慮兩個因素：「一是學會會章與中大學生會宗旨沒有牴觸，二是與現有的學會沒有相似或相撞的情況。」
他表示，學會的政治立場並非屬委會與代表會的考慮，即使同學想成立其他政治立場或主張的學會，如「愛國研究學會」、「共產黨研究學會」皆可。潘智鍵也認為註冊學會是同學擁有的權利，只要他們沒有違反中大學生會宗旨所述的民主精神，能夠促進同學的福利與互相之間的聯絡，沒有理由會駁回申請。
他又透露於香港獨立研究學會成立後，曾有中層階級的大學職員主動詢問他有關該會的註冊資料，包括學會會章與幹事名單，他當時回覆校方稱：「香港獨立研究學會」是按照相關章則成立，拒絕提供任何資料。學會成立前後，有關籌委、幹事、會員名單都由中大學生會代表會及屬委會持有，校方無權查看。即使成立後，假若該學會只借用學生會的場地、會室和儲物櫃，幹事資料也只會落在學生會手中，校方不會得知相關同學資料。換言之，香港獨立研究學會的成員、籌委及幹事可以一直隱藏身分。
就校方希望取得與學會相關的同學名單，潘智鍵擔心此舉會影響學生會自治權，打壓學生言論自由：
「現在（香港獨立研究學會）才剛剛成立，校方已立刻發聲明譴責，日後當學會真的開辦有關香港獨立研究的活動時，他們還會做出什麼？」
現時香港獨立研究學會已經踏入試辦期，除非有幹事退出導致幹事會人數不足五人、學會自行提請解散或會務涉及嚴重錯失，否則學會將繼續運行。但潘強調，大學不應該是政治角力的場所。
本刊記者也接觸過其他大學，暫時香港大學、城市大學、教育大學都表示未有收到類似學會的申請，理工大學、科技大學、浸會大學及嶺南大學在截稿前沒有回應，樹仁大學則因幹事會出缺而未能回應 。