不審查稿件 誹謗賠十萬
獨媒的收入來源少，實際的營運成本亦不多（見下頁表一）。方鈺鈞認同他們所面對的經濟壓力較少，不須要依靠龐大的廣告收益來維持運作，因此不用受制於任何團體。
《獨媒》雖說是享有較大自由度，無須面對被抽廣告的壓力，但他們也同樣會受到黑社會威脅，他們的辦公室也曾遭黑幫成員搗亂過。
此外，由於他們不「篩選」稿件，令《獨媒》有面對法律訴訟的風險，如兩名網民撰文，聲稱東方報業集團創辦人多年前涉嫌販毒潛逃台灣，香港獨立媒體有限公司便遭到東方報業集團控以誹謗，結果罰款十萬。說起以後的應對方式，方表示：「沒有什麼辦法，也怕不了這麼多，我們也沒有錢賠，最多是清盤。」
自費做訪問 有力的報道
《獨媒》只有三名受薪全職員工，曾是《明報》文化教育副刊記者的方鈺鈞是其中之一。她每天會從稿件中選出推薦文章，放到網站首頁當眼處，讓讀者細閱。她表示獨媒的七成收入依靠小額捐款，儘管不太穩定，但勉強可以做到收支平衡。其餘稿件除了來自投稿，還有義務的編輯與特約記者，特約記者負責採訪，編輯則帶領和跟進。
《獨媒》沒法投放太多資源做偵查報道，如要做偵查報道，唯有靠特約記者「自費做訪問」，當中亦有一些報道能影響社會。如菜園村關注組成員朱凱迪便是義務特約編輯，他曾於二零一一年刊登政府強行遷拆菜園村的調查報道，成功喚起社會關注，助居民爭取於八鄉建菜園新村。