教員軍心動搖
提升教育質素有隱憂
合併的目的是提升學校的學術水平，在教與研上取得更大成就，同時能吸納海外頂尖學者任教，可是調查卻發現，有四成教員認為合併後教學質素會下降，而認為新大學未能吸引國際著名學者的受訪教員有近三成半。
此外，調查顯示，兩大教員對合併有疑慮，七成七受訪教員認為兩大合併後，影響最嚴重的是教學人員，逾兩成教員擔心自己的教席會被裁減，也有二成七的意見認為合併會影響到個人的晉升機會。
不少教員不相信合併後可提高教學質素，只有不足兩成受訪者肯定合併能提升整體的教學質素，43％受訪的教授反認為合併後整體的教學質素會下降。合併對個人教學的影響方面，有42%教員認為影響是負面的，認為影響是正面的只有24%﹔此外，有44％教員認為課程整合困難，更有36%受訪教員認為新大學的出現，會使現有兩大各自的學術水平下降。有教授在問卷上表示﹕「Merging the two universities… trying to combine vastly different departments with different cultures, attitudes, administrative and financial structures will be a nightmare and have a tremendously negative impact on our work.」（編者譯﹕兩大合併，須將兩校相關學系不同文化、態度，以至行政及財務架構整合，對我們（教員）來說是場惡夢，並對我們的工作帶來極為負面的影響。）
前途未定 講師打退堂鼓
一流教學還需要一流教師，要吸引一流教師任教，則有賴大學的名聲。李國章曾表示兩大合併，可以令香港擁有世界一流的大學。能否吸引一流學者慕名而來任教則尚未可知，卻先令現任教授困擾，產生不少疑慮。
在教員的問卷調查當中，有35%明確表示擔心合併後工作壓力會增加，不擔心的則有34%，無意見的也達24％﹔此外，22％受訪教師擔心合併會導致被裁，不擔心的比率雖有44％，但回應「不肯定」的也達到25%。裁員的不穩定隱憂，的確出現於前線教員中間，近半數教員在不同程度上都受到此陰霾所籠罩。
儘管現有教員疑惑未釋，當局仍期望新大學提高名聲，可吸納世界知名的學者來港教學或從事研究，可是問卷調查結果數據顯示，只有23%教員認為新大學能吸引這些國際知名學者，36%意見認為情況不變，有35%人更認為吸引力將降低。
何文匯一再強調，合併有助吸引一流教授任教，但中大工商管理學院院長李天生舉例反駁﹕「早前有一位講座教授本來有興趣來我們學院任教，合約細節都差不多傾妥，但一聽到有關合併的消息，便取消了計劃﹗」李天生苦笑道解釋﹕「沒辦法﹗現階段對於合併後的景象有太多未知數，我們無法保證人家的前途呀﹗」
人事調動 教員憂心忡忡
展望未來，兩大學教員對前途保障也沒有信心。調查顯示，有27％受訪教員認為合併會對個人晉升機會帶來負面影響，當中科大與中大教員的比率相若。
中大教師協會會長關海山透露，現時大學高級教授編制比例約為百分之三十，恐怕合併後這些位置給「填滿」，對初級教員的升遷不利，影響大部分前線教員士氣。「磨合」不成功便演變成磨擦，加上潛在的人事糾紛，合約教員更可能面對不獲續約的命運。現時科大合約教員數目比中大多，這方面對科大教師影響將較大。
關海山和中大教協前任會長張雙慶不約而同認為，現時合併還未有具體方案，這為前線教師帶來不明朗因素，大大影響士氣和信心。張雙慶指因「磨合」導致部分教師的工作出現調動，難免影響他們的感受。
十一月初，才加入科大兩年的工學院院長王康隆用電郵向教職員道別，表示會提早於十二月底返回美國加州大學洛杉磯分校（UCLA）做研究工作。他的請辭，雖與兩校合併未必有直接關係，但從中揭示了科大其實有不少如王康隆般，既在科大任教同時又在海外大學保留教席的教授。據報章報道，科大有系主任曾在校內發放電郵，表示若真的合併，不少優秀授都會離開，因為他們不愁出路，不希望留在科大面對合併的混亂。
回答問卷時就有教員對合併建議深深不忿，有科大教員在問卷上表示﹕「The
business school at HKUST is internationally recognized as world class.
A merger with CUHK could likely result in the departure of many top class
staff who would go to the States.」（編者譯﹕科大商學院已屬世界級，跟中大合併，反會令不少教員離校赴美。）
任教科大社會科學部的中大校友馬嶽則認為，合併磨合期間，許多早已來港的外國教授，反而會因環境改變而離開。他們有較高的議價能力，香港根本不能留住他們，許多的研究計劃會因而被擱置。研究屬長線的發展，必須有穩定的環境，無可否認這樣只會收到反效果。
但中大副校長楊綱凱對此卻不感擔心，且自信中大軍心穩定，他回應傳媒時說，「我看不到為何合併會令教員流失，人手自然流失是每天都發生的事。我們的軍心相當旺盛。到目前為止，我還未聽過校內有教員因合併而感不安、憂慮。」
師生比例上升 拖低教學質素
除了優秀教員外，師生比例是教學質素的關鍵因素。現時美國很多著名的國際級一流私立大學，例如哈佛、耶魯、史丹福、哥倫比亞大學等，師生比例約一比七，師生比例小令教授有更多時間照顧學生。合併後可以預見學校規模更龐大，以目前兩校學生人數推測，新校學生合共超過二萬人，每班的學生人數無可避免地大幅增多，師生比例上升，教學質素難保証，更遑論要提升了。問卷調查結果反映，超過四成三教員認為教學質素將降低﹔學生方面，主流意見是教學質素不變，比率近四成。馬嶽說﹕「如果師生比例不變，同學也未必可以修讀那些傑出教授的課﹔如果將每班學生人數增加，那麼學生便不會有近距離向教授討教的機會，那與現在的學習模式又有甚麼分別﹖」
科大學生會主席陳順彬關注新大學如何在師生比例上升的情況下，仍能保持良好教育質素，「現時科大有部分課堂有上百學生一同上課，師生比例如此高已經不利教學，我擔心合併後情況更為惡化。」
一個由新加坡國立大學特意轉到科大讀工程的學生就反對合併﹕「新加坡國立大學一班有幾百人上課，學生根本無機會發問，教學怎會好﹖我專誠來科大讀書是因為小班教學，現在要合併，不也如新加坡國立大學一樣嗎﹖」新加坡國立大學具合併背景，由新加坡大學與南洋大學合併而成的，現為國內第一大學。
另外，為應付兩校的學生增加，教授上課節數不免要增多。科大以研究創校，著重發展實用性研究項目，較高級的教授一年只須教三門課左右，使他們有更多時間專注於研究上﹔中大則秉承綜合型大學的傳統，強調教研並重，教授平均一年要教四、五門課，教學任務比較重。以目前情況來看，合併後師生比例增加令教授在教學的負擔更重，教學和研究質素難免受影響。
不過，合併較明顯的優勢是在設備互用方面。無論在教學或研究上，工程學科都需要使用不少儀器和設備，由於兩所大學的資源有限，很多時無法負擔高昂設備﹔再者，設備增設後也需一大筆維修費用，因此兩校的工程學院向來都有共用設備儀器的合作計劃，其中微電子製造實驗所就為兩校共用。
改善校園硬件 增加課程選擇
中大和科大工學院院長都認為兩校合併有助進一步提升工學院的設備質素，科大工學院院長王康隆表示﹕「合併後工學院的規模大了，獲得的資助撥款增多，可以凝聚資金負擔更多高昂儀器。」
此外，兩校商學院院長和岑嘉評不約而同認為，合併對學生有一定好處，就是新學校會增加課程選擇給學生﹔多了選擇，在選科上也更自由。不過，他們同時又補充，要解決或避免兩校距離遙遠而引致的轉堂困難，課程增設才真正讓學生享受到選科自由，不致令師生疲於奔命。
問卷中也有問及有關兩校地理位置的問題，47%受訪的學生認為兩校的地理差異，是兩大合併較嚴重的潛在困難。
圖表分析
教師問卷調查內容摘錄
何文匯說；「合併是大代價，為甚麼只看十年，而不看未來五十年的事？」
關海山認為合併對初級教員的升遷不利，前線教員士氣會受影響， 「磨合」不成便演會變成「磨擦」。
科大有不少教員像王康隆一樣在海外大學留有教席。
